Oprócz pięciu programów operacyjnych funkcjonujących na poziomie krajowym istnieją także programy operacyjne dla każdego województwa, a zatem szesnaście Regionalnych Programów Operacyjnych. 16 RPO stanowi przykład znaczącej decentralizacji zarządzania procesami rozwojowymi. Takie rozwiązanie ma na celu identyfikowanie potrzeb na jak najniższym szczeblu, tak, aby działania zawarte w Regionalnych Programach Operacyjnych odpowiadały planom rozwoju każdego województwa z osobna. Samorządy województw otrzymały szerokie kompetencje związane z przygotowaniem i realizacją RPO.

Kluczową rolę w zarządzaniu i wdrażaniu RPO pełnią zarządy województw jako instytucje zarządzające programami (IZ), które odpowiadają za przygotowanie i realizację RPO, w tym za ocenę i wybór projektów do dofinansowania, dokonywanie płatności na rzecz beneficjentów, kontrolę projektów, monitorowanie i ewaluację realizacji programu. Ponadto IZ wydają wytyczne, zalecenia i podręczniki dotyczące różnych aspektów związanych z realizacją programu oraz prowadzą działania promocyjno-informacyjne.

Inwestycje, na które beneficjent pozyskuje środki z Regionalnego Programu Operacyjnego, musi zrealizować na terenie danego województwa. Priorytety w poszczególnych Regionalnych Programach Operacyjnych są do siebie zbliżone. Zazwyczaj w ich ramach można pozyskać dofinansowanie na inwestycje związane ze zdrowiem, edukacją, rozwojem miast, turystyką, społeczeństwem informacyjnym, promocją regionu. Beneficjenci odnajdą tam również priorytet dotyczący rozwoju firm, szczególnie z sektora małych i średnich przedsiębiorstw.